Атипичная пневмония – это не типичные лёгочные заболевания, которые возникли по вине атипичного возбудителя. У Ученые из Университета Валенсии и FISABIO [Фонд содействия здоровью и биомедицинским исследованиям в Валенсийском сообществе] получили первые полные последовательности генома коронавируса SARS-CoV-2.
Как и во всех болезнях, вызванных вирусными инфекциями, COVID-19 имеет две главные действующие составляющие: вирус и инфицированный человек. Каждая из єтих составляющих обладает различными механизмами, чтобы превалировать или адаптироваться друг к другу. В значительной степени эти механизмы запрограммированы в геноме вируса и в геноме человека.
Институт Пастера во Франции является одним из исследовательских центров, в котором секвенировали геном коронавируса с использованием образцов крови первых подтвержденных пациентов с инфекцией SARS-CoV-2 в этой стране.
Ученые из Университета Валенсии и FISABIO [Фонд содействия здоровью и биомедицинским исследованиям в Валенсийском сообществе] получили и опубликовали первые полные последовательности генома вируса SARS-CoV-2 от испанских пациентов.
Французские ученые присоединились к большой группе исследователей со всего мира, которые практически с момента начала пандемии COVID-19 делятся генетической информацией об этом вирусе.
Исторический архив эволюции
Геном любого организма, включая вирусы, представляет собой молекулярные инструкции в виде нуклеотидов, необходимые для его функционирования и передачи потомству. Большинство организмов (включая бактерии и многие вирусы) имеют геном с кодом, состоящим из 4 нуклеотидов. Известные основания ДНК: A, C, G и T.
Геном вируса является необходимой инструкцией для его работы и передачи потомству. Некоторые вирусы, включая основные патогены, такие как грипп, гепатит С или ВИЧ, имеют геном РНК. Но код, с которым интерпретируются инструкции генома, одинаков для всех этих вирусов. Изменяются только основания ДНК T и U.
В дополнение к выполнению инструкций генома вируса для функционирования и передачи, геном вируса действует как исторический архив эволюции. Это означает, что изменения, мутации, которые позволяют организмам изменяться и адаптироваться к окружающей среде, на самом деле являются изменениями в нуклеотидных основаниях.
Применяя математические и биоинформационные модели генома вируса, ученые могут реконструировать эволюционную историю любой группы современных организмов, сравнивая их геномные последовательности.
Последовательность генома коронавируса
РНК-вирус может «захватить» молекулярный механизм человеческой клетки и заставить ее сделать несколько копий генома вируса.
Первый геном SARS-CoV-2 (научное название нового вируса, вызвавшего нынешнюю пандемию) был получен в Ухане в конце декабря 2019 года. Это позволило идентифицировать вирус как коронавирус и подтвердить, что он отличается от других известных коронавирусов. Эволюционный анализ показал, что он связан с вирусами, основным хозяином которых являются некоторые виды летучих мышей, что привело ученых к предположению, что они также являются исходным резервуаром SARS-CoV-2.
Однако и SARS-CoV, и MERS-CoV (два других коронавируса, которые недавно вызвали эпидемические вспышки) попали в человеческий вид через промежуточные виды животных, то есть через цивет и верблюдов соответственно, что привело к подозрению, что то же самое произошло и с вирусом COVID-19. Этот промежуточный хост еще не был идентифицирован.
Сравнительный анализ генома нового вируса с геномом других вирусов позволяет ученым из Университета Валенсии и FISABIO определить, какие мутации делают SARS-CoV-2 отличным, а какие похожим на другие вирусы. Это позволяет ученым искать терапевтические мишени, понимать, как вирус проникает в клетки или объяснять, почему он поражает мужчин больше, чем женщин.
